Comenzó a funcionar en 1936 y contiene gran parte del legado histórico científico colombiano. En el primer piso se expone una sección de mastozoología (mamiferos). La sala 2 está dedicada a los peces y reptiles, la sala 3 expone los temas de evolución y paleoantropología y la sala 4 está dedicada a la antropología. El museo cuenta también con auditorio y herbario.
Servicios complementarios: biblioteca, atención y material para discapacitados, conferencias.
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